Nació en Lima (Perú), el 20 de abril de 1586. Sus padres fueron Gaspar de Flores y María de Oliva. La bautizaron con el nombre de Isabel Flores de Oliva, pero se la llamaba comúnmente Rosa, pues fue este el nombre con el que fue llamada por una persona de origen indio que estaba encargada de su crianza. Dicha sirvienta pudo percibir en ella no sólo su belleza exterior, sino la inmensa religiosidad que la convertiría en la primera santa de América Latina. Definitivamente, fue Rosa el nombre que le impuso en el sacramento de la Confirmación el arzobispo de Lima, Santo Toribio de Mogrovejo.
Desde muy pequeña, Rosa se caracterizó por su hermosura física, recibiendo por ello innumerables halagos. Sin embargo, ella venció la tentación del amor propio y la vanidad, con humildad, obediencia y abnegación de su voluntad. Pero esa belleza exterior era tan solo un reflejo de la enorme religiosidad que quiso reservar al Amor de sus amores, Dios. También mostró su inmensa piedad y devoción por el Señor y su vocación permanente por ayudar a los demás.
Su ferviente amor a Dios lo expresaba en diversas prácticas de penitencia que asumió desde pequeña. A los diez años de edad ayunaba a pan y agua. Comía muy poco y se preocupaba de que su alimento no tuviera un sabor agradable. En su dormir también fue muy exigente consigo misma, ya que colocaba maderos en su lecho y virutas y cañas en su almohada. Utilizaba silicios para mortificar su frágil cuerpo. En cierta ocasión, su madre le coronó con una guirnalda de flores para lucirla ante algunas visitas y Rosa se clavó adrede una de las horquillas de la guirnalda en la cabeza, con la intención de hacer penitencia por aquella vanidad. Como la gente alababa frecuentemente su belleza, Rosa solía restregarse la piel con pimienta para desfigurarse y no ser ocasión de tentaciones para nadie. Estas penitencias sólo se pueden entender al conocer el gran amor que llenaba el interior de la Santa. Todo esto era la expresión de un corazón que desbordaba de piedad por Cristo.
El padre de Rosa fracasó en la explotación de una mina, y la familia se vio sumida en circunstancias económicas muy adversas. Rosa trabajaba el día entero en el huerto, cosía una parte de la noche y de esa forma ayudaba al sostenimiento de la familia. La santa estaba contenta con su suerte y jamás hubiese deseado cambiarla, si sus padres no hubiesen querido inducirla a casarse. Rosa luchó contra ellos diez años e hizo voto de virginidad para confirmar su resolución de vivir consagrada al Señor.
Se propuso hacerse monja agustina, pero el día en que fue a arrodillarse ante la imagen de la Virgen Santísima para pedirle que le iluminara si debía irse de monja o no, sintió que no podía levantarse del suelo donde estaba arrodillada. Llamó a su hermano a que le ayudara a levantarse pero él tampoco fue capaz de moverla de allí. Entonces se dio cuenta de que la voluntad de Dios era otra y le dijo a Nuestra Señora: "Oh Madre Celestial, si Dios no quiere que yo me vaya a un convento, desisto desde ahora de su idea". Tan pronto pronunció estas palabras quedó totalmente sin parálisis y se pudo levantar del suelo fácilmente.
Seguía pidiéndole a Dios que le indicara a qué asociación religiosa debería ingresar. Y de pronto empezó a llegar junto a ella cada día una mariposa de blanco y negro. Y revoloteaba junto a sus ojos. Con esto le pareció entender que debería buscar una asociación que tuviera un hábito de blanco y negro. Y descubrió que eran las terciarias dominicas, unas mujeres que se vestían con túnica blanca y manto negro y llevaban vida como de religiosas, pero vivían en sus propias casas. Pidió ser admitida en la tercera orden de Santo Domingo y la aceptaron, imitando así a Santa Catalina de Siena. A partir de entonces, se recluyó prácticamente en una cabaña que había construido en el huerto. Llevaba sobre la cabeza una cinta de plata, cuyo interior era lleno de puntas sirviendo así como una corona de espinas. Su amor de Dios era tan ardiente que, cuando hablaba de Él, cambiaba el tono de su voz y su rostro se iluminaba como un reflejo del sentimiento que embargaba su alma. Ese fenómeno se manifestaba, sobre todo, cuando la santa se hallaba en presencia del Santísimo Sacramento o cuando en la comunión unía su corazón a la Fuente del Amor.
Jesucristo se le apareció en varias ocasiones en forma de niño.
Rosa pasó los tres últimos años de su vida en la casa de Don Gonzalo de Massa, desde 1614 a 1617. Don Gonzalo era un empleado rico del gobierno y su esposa, María de Uzategui, tenía un gran aprecio por Rosa. Durante la penosa y larga enfermedad que precedió a su muerte, la oración de la joven era: "Señor, auméntame los sufrimientos, pero auméntame en la misma medida tu amor".
Rosa tenía una gran devoción a San Bartolomé. De hecho, desde 1614, cada año al llegar la fiesta de San Bartolomé, el 24 de agosto, demostraba su gran alegría. Y explicó el porqué de este comportamiento: "Es que en una fiesta de San Bartolomé iré para siempre a estar cerca de mi redentor Jesucristo". Y así sucedió. El 24 de agosto del año 1617, después de terrible y dolorosa agonía, expiró con la alegría de irse a estar para siempre junto al amadísimo Salvador. Tenía 31 años.
Y a esta muchacha pobre y sin estudios le hicieron un funeral poco común en la ciudad de Lima. La primera cuadra llevaron su ataúd los monseñores de la catedral, como lo hacían cuando moría un arzobispo. La segunda cuadra lo llevaron los senadores (u oidores), como lo hacían cuando moría un virrey. Y la tercera cuadra lo llevaron los religiosos de las Comunidades, para demostrarle su gran veneración. El entierro hubo que postponerlo porque inmensas multitudes querían visitar su cadáver, y filas interminables de fieles pasaban con devota veneración frente a él. Después la sepultaron en una de las paredes del templo.
Su cuerpo se venera actualmente en la Basílica dominica de Santo Domingo en Lima. Fue beatificada por el Papa Clemente IX y declarada "Patrona de Lima". El 12 de abril de 1671, fue canonizada por Clemente X. Ese mismo año, se declaró a Santa Rosa de Lima como Patrona del continente Americano y de las Filipinas. El 10 de Septiembre de 1958, la Santa Sede Apostólica la declaró Patrona de las enfermeras Peruanas.
